敌的，恐怕就只有足利义辉一人了。
不久，二条御所的本丸各地都燃起了大火，火势渐渐逼近了大广间，足利义辉在大广间内继续奋战着。这时，足利义辉被三好军用长枪绊倒在地，随后蜂拥而来的三好军便将大广间的多扇纸门拆下并且压在了足利义辉的身上，使他动弹不得。之后，无数杆长枪刺入了足利义辉的身躯，不久后强情公方足利义辉咽了气。
足利义辉的生母庆寿院近卫尚通之女、第十二代室町幕府将军足利义晴的正室也在熊熊大火之中结束了自己的生命。而足利义辉最宠爱的侧室进士小侍从则在本丸庭院里的假山后被三好军找到并且杀害了。
就在足利义辉、庆寿院、进士小侍从等人死后，三好三人众与松永久通等人还是觉得不放心，认为足利义辉还有两位亲兄弟尚在人世，不可不剪除。这两人按照幕府将军家的惯例，都出家为僧了，一名法号为周暠，在京都鹿苑寺出家，一位法号为觉庆，在奈良兴福寺一乘院为僧。