程队与医疗队终于出动，各种载重器械开始运着失去电力的二号机回本部，明日香自然也被救了出来，安置在了维生设施上，各项体征已经趋于稳定，不会有生命危险。
总之，主要角色们都没有阵亡，四位驾驶员，正副司令，美里指挥官，都可以参与到下一部的剧场版之中。
敌人也都被打退，城市一片废墟，仍旧站在那里的初号机显得尤为高大，阳光照射在它身上，还有几分光芒万丈的感觉，本部中的人们忙碌着重建。
司流也在此刻得到了系统提示：
当前任务已完成，主线任务已全部完成
您已完成该剧本，60秒后将自动传送
这似乎已经可以算作大团圆的结局了。
但是显然，第一次体会到开挂感觉的司流，产生了些许不一样的想法……
“这么强力的eva，不做点什么的话，未免太浪费了点……”司流轻声道，“不如……来点刺激的吧！”
初号机一跺脚，脚底环绕着at力场的力量，那万翼天使的大爆炸中都没被破坏掉的地表，就这样被踩出了一个大洞，初号机随即从洞中落下，再次来到了金字塔型本部所在的区域。
指挥室中的人们自然也看到了这一幕，片刻的惊讶过后，美里立刻抢到麦克喊道：“上村！你在干什么？快停下！”
司流听到了，但是并没有做出任何回应，还在半空中调整姿势，让初号机作出了类似于超人的动作，拳头前伸，一头撞进了地面中……