柱间在与宇智波斑的激战中，使用木遁秘术制服了九尾，但是在他之后没有人继承此术，要想制服尾兽，写轮眼或木遁必不可少。
于是，木叶村开始倾尽全村之力，为复活初代木遁秘术而做起研究。
然而，在自愿成为试验体的成年人身上，进行的柱间细胞移植试验，却不断失败，增加不少牺牲者，因此这番尝试被视为禁术并封印了起来。
然而，大蛇丸为了收集各种忍术，所以仍旧在继续已被封禁的柱间细胞移植试验，他陆续绑架了村中的下忍、中忍、暗部以及木叶周边村落的六十名婴儿。
他从初代火影的尸体中提取出遗传基因，然后把遗传基因注入六十个婴儿的身体中进行人体实验，但排斥反应很强烈，他们相继死去。
在筛选下一任火影之时，团藏曾打算推荐大蛇丸上位，以加强自己手中的权力，但三代目火影认为大蛇丸，眼中隐藏邪恶和野心，不打算将火影的重任托付到大蛇丸身上。
随后木叶高层一同推举自来也的徒弟波风水门，因此，加深了大蛇丸对三代目火影的憎恨。
随后团藏来到大蛇丸的实验室，大蛇丸认为第三代的本意，是要将水门当做傀儡，从而师徒一同控制木叶，团藏意识到照这样下去，木叶没有未来。
随后大蛇丸表明只要将木遁移植实验研究成功，掌控木叶村的权利简直易如反掌，团藏也为掌控权利，等待着时机成熟从而实施强硬手段。
之后，团藏带着自己的部下甲、乙、丙离开了大蛇丸的实验室。
大蛇丸与木叶高层志村团藏一直保持着利益合作关系。
后来，
第五百七十二章 三忍之一(2/4)