大蛇丸在准备处理试验尸体的时候，因为其它的实验暴露，令第三代火影及暗部留意到他的古怪行为，所以大蛇丸最后离开了木叶。
在他叛离木叶的时候，自来也曾追上去挽留他，但还是无法改变他离开木叶的决定。
后来自来也仍因为当时，无法把走向歧路的伙伴劝回来而自责不已，他也因此连火影也不当，多年来都暗中追查大蛇丸的行踪。
不久后，在刚获得风魔一族的认同后，收到了来自名为晓组织的来信，大蛇丸赴约后发现了天道佩恩的轮回眼，在一段欺骗后准备夺取佩恩的轮回眼，但却不敌突然出现的佩恩六道。
当得知晓内拥有大量的研究素材后答应收集尾兽，在加入晓组织之后，戒指是“空”，指环戴在左手小拇指上，与蝎组队。
相信在那时候，他的转生禁术即使还没完全成功，也接近完成。
在宇智波鼬加入后，由于想得到写轮眼的力量，他试图夺取宇智波鼬的身体当转生容器，但被鼬的幻术定住。
因为大蛇丸与晓组织的目的不同而最终离开晓，然而却在途中遭到迪达拉与蝎的追杀，随后大蛇丸第一次使用第二代火影开发的究极禁术秽土转生，召唤出三代目风影与蝎、迪达拉对战。
然而，因为秽土转生的精良度不够高，因此使三代风影挣脱了秽土转生的控制，大蛇丸之后将自己变为大蛇逃跑。
迪达拉与蝎找了很久，也没有找到大蛇丸的尸体，蝎意识到自己并没有杀死大蛇丸，迪达拉声称下一次见到大蛇丸一定杀死他。
佩恩询问宇智波鼬这是什么忍术，鼬知道这是第二代火影开发的秽土转
第五百七十二章 三忍之一(3/4)